2022年海外名師授課計劃課程《基于統計推斷的生物信息學》開課通知
發布時間: 2022-05-05 15:37:28 瀏覽量:
授課單位:計算機與通信工程學院
課程中文名稱: 基于統計推斷的生物信息學
課程英文名稱：Statistics inference for bioinformatics
授課內容及時間：
本課程主要研究生物信息學中的隨機模型，包括隱馬爾可夫模型、連續時間馬爾可夫鏈(泊松過程、生滅過程、聚合過程)及其在序列比對、基因預測、蛋白質網絡、系統發育樹重建等方面的應用。屬于生物學科與計算機學科的交叉研究領域，課程具體內容如下：
5月7日（周六） 上午9:00-10:30，雙序列比對，內容：序列比對的打分方法及算法，序列相似性的顯著性評價，雙序列比對的各種工具軟件
5月11日（周三） 上午9:00-10:30，多序列比對，內容：多序列比對的定義及算法，多序列比對工具。
5月14日（周六） 上午9:00-10:30，基因組拼接，內容：DNA測序的方法，DNA序列的組裝，基因組測序的策略和組裝。
5月18日（周三） 上午9:00-10:30，基因預測和隱馬爾可夫模型，內容：基因結構與功能的簡介，核酸序列預測與鑒定，應用隱馬爾可夫模型進行基因的預測。
5月21日（周六） 上午9:00-10:30，替代過程，內容：分子進化的基本概念及理論。
5月25日（周三） 上午9:00-10:30，分子進化的系統發育模型，內容：分子系統發育樹的基本概念和構建方法，系統發育樹的各種軟件及應用。
5月28日（周六） 上午9:00-10:30，模型選擇與驗證，內容：統計學習與推理基礎，統計模型與參數推斷。
6月1日（周三） 上午9:00-10:30，合并過程和物種樹估計，內容：物種樹的概念，物種樹的構建方法及示例。
6月4日（周六） 上午9:00-10:30，祖先重組圖，內容：祖先重組圖的概念及構建方法。
6月11日（周六） 上午9:00-10:30，系統發育網絡，內容：系統發育網絡的概念，系統發育網絡構建的常用方法，系統發育網絡的構建與應用。
6月18日（周六） 上午9:00-10:30，基因復制和生滅過程，內容：基因家族的概念，基因復制的概念，基因復制進化的理論。
6月25日（周六） 上午9:00-10:30，傳染病傳播網絡，內容：傳染病傳播的特點、模型，傳染病傳播網絡的構建方法及示例。
授課方式：線上教學，zoom會議，請加QQ群741349675。
授課教授：劉亮博士，佐治亞大學統計系暨生物信息研究所教授。
授課專家學術情況簡介：
劉亮教授是國際分子系統發育基因組學研究領域新型物種樹方法的創始人之一；曾獲2008年度國際系統生物學家協會優秀科研獎；長期擔任Systematic Biology 、Bioinformatics、Journal of Mathematic Biology、Molecular Biology and Evolution、Molecular Ecology等國際知名SCI期刊的審稿人；在PNAS、Science、Systematic Biology、Molecular Biology and Evolution等國際一流期刊發表多篇高引用論文。
近三年為美國佐治亞大學研究生講授“Statistics inference for bioinformatics”、“Computing techniques in statistics II”、“Introduction to Grant Writing”等課程，為江蘇師范大學研究生講授“Statistical phylogenetics”、“R for bioinformatics”等課程；主持美國國家科學基金、澳大利亞研究理事會基金等項目三項；2017年至今文章被引用17556次，H指數30（根據Google scholar統計）。